距离电视剧《X档案》改编的第一部电影，已经有十年的时间。这次《X档案2》再次归来，探员穆德与史考莉仍是影片主角，并且两人关系也有了新的进展。
美国弗吉尼亚州发生多起怀孕妇女失踪案件，在当地警方与FBI调查后，最后被草草结案。穆德与史考莉这对搭档得知这起案件后，立刻深入调查，并因此发现背后的恐怖真相……